Η Μονή ιδρύθηκε κατά το δεύτερο ήμισυ του 14ου αιώνος σε μια περιοχή όπου κατά τους παρελθόντες αιώνες είχαν ιδρυθεί έξι μονύδρια. Αυτά, με την πάροδο του χρόνου και για διαφόρους λόγους -κυρίως εξαιτίας των αλλεπάλληλων πειρατικών επιδρομών-, είχαν παρακμάσει και είτε είχαν διαλυθεί, είτε λειτουργούσαν πλέον ως κελλιά. Γι᾽ αυτό και οι κτίτορες μερίμνησαν εξάρχης να περιέλθουν είτε εξ αγοράς είτε δια δωρεάς στην κυριότητα της Μονής. Πρόκειται για τα παρακάτω έξι μονύδρια, τα οποία μνημονεύονται σε έγγραφα του Αρχείου της Μονής από το 1392 και εντεύθεν ως κελλία ή μετόχια :
Αγίου Αυξεντίου: Μαρτυρείται από το έτος 1287, όταν ο μοναχός του Θεόδουλος μνημονεύεται σε έγγραφο της Μεγίστης Λαύρας. ως επιτηρητής του Αγίου Όρους. Βρισκόταν βορειοδυτικά της Moνής, στη θέση όπου σήμερα βρίσκεται το Κελλί του Αγίου Προκοπίου.
Αγίου Δημητρίου του Κυνόποδος: Μνημονεύεται ήδη το έτος 1048 και συνόρευε με το μονύδριο του Φαλακρού. Έγγραφο Υπόμνημα του Πρώτου του Αγίου Όρους Ιωάννη Ταρχανιώτη, με το οποίο ρυθμίζονταν τα σύνορα μεταξύ των δύο ανωτέρω μονών, που χρονολογείται το Νοέμβριο του 1107, αποτελεί το αρχαιότερο σωζόμενο πρωτότυπο έγγραφο του αρχείου της Μονής.
Ραβδούχου: Αποτελεί την πρώτη κτήση των ιδρυτών της Moνής στο Άγιον Όρος. Σύμφωνα με χρυσόβουλλο του αυτοκράτορος Ιωάννου Ε´ Παλαιολόγου, χρονολογούμενο το 1357, το Κελλί του Ραβδούχου, το οποίο είχε καταστραφεί ολοσχερώς από επιδρομές των Τούρκων, παραχωρήθηκε από τον Πρώτο Δωρόθεο στους δύο αδελφούς, με την υποχρέωση να το ανοικοδομήσουν. Η Μονή του Ραβδούχου (ή Ραβδά) μνημονεύεται ήδη σε Βατοπεδινό έγγραφο του 998, ενώ στην ευρύτερη περιοχή αναπτύχθηκε και μια Σκήτη, μνημονευόμενη ως «τα ησυχαστήρια του Ραβδά».
Σωτήρος: Μνημονεύεται μεταξύ των μετοχίων της Moνής και θεωρείται ότι εξαιτίας της προϋπάρξεώς του στην περιοχή δημιουργήθηκε η παράδοση που ανάγει την ίδρυση της Moνής Παντοκράτορος στη βασιλεία του Αλεξίου Α' Κομνηνού. Δεν είναι γνωστή η ακριβής θέση της ούτε και δύναται να ταυτισθεί με βεβαιότητα με τη Μονή του Δωροθέου, η οποία γειτνίαζε με τις Μονές Φαλακρού, Ξυλουργού και Κυνόποδος και στην οποία εμφανίζεται σε έγγραφο του 1107 να ανήκει ο αγρός του Σωτήρος. Πιθανώς βρισκόταν σε μικρή απόσταση από τη Μονή.
Φακηνού: Βρισκόταν σε απόσταση μισής ώρας νοτίως της Moνής, κοντά στη σημερινή «αμπελικιά», στα σύνορα με τη Μονή Σταυρονικήτα, και τιμώνταν στα Εισόδια της Θεοτόκου. Κτήτοράς της υπήρξε ο Ιωάννης Φακηνός, ο οποίος μνημονεύεται για πρώτη φορά το 985 και διετέλεσε Πρώτος του Αγίου Όρους από το 991 ώς το 996. Σήμερα σώζονται ο ναός με τοιχογραφίες του 17ου αιώνος και τα ερείπια της πάλαι ποτέ Moνής του Φακηνού.
Φαλακρού: Βρίσκεται σε απόσταση μιας ώρας βορειοδυτικά της Moνής, στα σύνορά της με τη Μονή Βατοπεδίου, και μνημονεύεται στις αγιορειτικές πηγές από το 991 ως το 1398 ως μονή του Ασωμάτου ή του Φαλακρού. Έλαβε την προσωνυμία του Φαλακρού προφανώς από τον ηγούμενο και πιθανό κτήτορά της Νικηφόρο Φαλακρό, ο οποίος μνημονεύεται σε έγγραφο της Μεγίστης Λαύρας το 991. Σήμερα διατηρούνται σε ερειπιώδη μορφή το καθολικό και ο πύργος της. Στον βόρειο τοίχο του ναού (σήμερα στο Σκευοφυλάκιο) βρισκόταν τοποθετημένη επιγραφή του έτους 1647/8, στην οποία μνημονεύεται ο ηγούμενος της Moνής Παντοκράτορος Ιερεμίας.
Η Μονή κατέχει επίσης ως εξαρτήματα στην περιοχή των Καρυών, κοντά στη Μονή Κουτλουμουσίου, τα Κελλιά του Ευαγγελισμού, του Αγίου Νικολάου (Δαμασκηνού), της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και της Γεννήσεως της Θεοτόκου. Σύμφωνα με τον Μπάρσκυ, η Μονή είχε στην κυριότητά της και μια ερειπωμένη Σκήτη της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, προφανώς τη σημερινή Βογορόδιτσα, στα σύνορά της με τη Μονή Βατοπεδίου. Αν και δεν επιβεβαιώνεται από κανένα έγγραφο του Αρχείου της Μονής, η μαρτυρία αυτή ενισχύεται από την ύπαρξη στο Σκευοφυλάκιο της Μονής μιας αχρονολόγητης σφραγίδας της Σκήτης αυτής σε σλαβονική γραφή. Είναι πιθανόν η Σκήτη να περιήλθε στην κυριότητα της Μονής για μικρό χρονικό διάστημα και στη συνέχεια να περιήλθε και πάλι στη Μονή Άγ. Παντελεήμονος.
