Ο αυτοκράτορας Ιωάννης Ζ΄ Παλαιολόγος επικύρωσε με χρυσόβουλο του 1408 προς τον ηγούμενο Θεόδουλο δωρεά προς τη Μονή ενός μεγάλου Μετοχίου στην Κασσάνδρα με πύργο και υποστατικά, συνολικής έκτασης 9500 στρεμμάτων, που έφερε το όνομα Άγιος Παύλος. Σε έγγραφο του 1419 ο δεσπότης Ανδρόνικος Β΄ Παλαιολόγος επικύρωσε τα δικαιώματα της Μονής στα μετόχια Αβραμίται και Νέον Χωρίον. Το 1405 ο Ροδοσλάβος Σάμπιας αφιέρωσε στη Μονή το Μετόχι του Αγίου Γεωργίου κοντά στην Καλαμαριά Θεσσαλονίκης, με έκταση 9.000 στρεμμάτων. Το 1469 η πριγκίπισσα Μάρω αγόρασε από την Ιερά Μονή Εσφιγμένου το Μετόχι στον Πρόβλακα Χαλκιδικής και το προσέφερε στη Μονή. Το 1622 η Δόμνα Μπαλάση δώρησε στη Μονή το μοναστήρι του Αγίου Δημητρίου-Ζήτια στη Βλαχία, κοντά στην Κραϊόβα. Το 1664 ο Μύρων Κωνσταντίνος προσάρτησε στη Μονή το μοναστήρι της Αναλήψεως του Σωτήρος-Θεοδωρένι, στη Σουτσάβα της Μολδαβίας. Στα τέλη του 18ου αιώνα η Μονή είχε μικρό ναό στην Αθήνα, που ο Αθηνών Βενέδικτος, σε επιστολή του της 14-3-1784, συγχώνευσε αυθαίρετα με τον Ναό των Ταξιαρχών. Ο αρχιμανδρίτης Άνθιμος στις αρχές του 19ου αιώνα αγόρασε μεγάλες εκτάσεις και δημιούργησε μετόχια στην Χαλκιδική και στη Θάσο. Στα τέλη του 19ου αιώνα αναφέρεται το Μετόχι «Κρομμύδιον» στην Κασσάνδρα, όπου το 1897 εκοιμήθη ο ηγούμενος Γεράσιμος Δραγώνας. Επίσης στην Χαλκιδική, ανήκουν στη Μονή πύργος και ναός των Αγίων Αποστόλων και μετοχιακός ναός της Ζωοδόχου Πηγής του 1852 στη Σάρτη. Σήμερα στη Μονή υπάγεται το Ιερόν Μετόχιον Γεννήσεως της Θεοτόκου στους Θρακομακεδόνες της Αττικής.
