Μετά τον θάνατο των κτητόρων η Μονή αντιμετώπισε μια σοβαρή δοκιμασία, εξαιτίας καταστρεπτικής πυρκαγιάς που ξέσπασε το 1392 στο νεόδμητο κτηριακό της συγκρότημα, αποτεφρώνοντας ή προκαλώντας σοβαρές καταστροφές σε πολλά από τα κτητορικά κτίσματα και στο αρχείο της, με την απώλεια αρκετών σημαντικών εγγράφων. Το γεγονός αυτό οδήγησε τους παντοκρατορινούς μοναχούς στην δραστηριοποίησή τους, ώστε να διασφαλιστούν οι κτήσεις της Μονής εντός και εκτός του Αγίου Όρους με την επανέκδοση των σχετικών επικυρωτικών εγγράφων, και να ανοικοδομηθούν τα κατεστραμμένα κτήρια, πράγμα το οποίο πέτυχαν τα αμέσως επόμενα χρόνια, με την έκδοση χρυσοβούλλων και πατριαρχικών εγγράφων.
