Γρήγορα όμως ο πόθος του μαρτυρίου τον κάνει να φύγει πάλι από την Ιερά Μονή Καρακάλλου, όπου έζησε συνολικά τριανταπέντε χρόνια. Ο πόθος του μαρτυρίου ωθεί τον όσιο Γεδεών. Έρχεται πάλι στην Ζαγορά και στο Βελεστίνο, παρουσιάζεται στον κριτή και ομολογεί την πίστη του στον Χριστό. Τον διώχνουν με τη βία. Έρχεται στην Αγιά, παρουσιάζεται στον διοικητή και προσβάλλει την θρησκεία του. Ο διοικητής γράφει τα γεγονότα στον Βελή πασά του Τυρνάβου, ο οποίος συλλαμβάνει τον όσιο Γεδεών στα Κανάλια. Παρουσιάζεται μπροστά στον ηγεμόνα και ομολογεί την πίστη του με θάρρος. Εκείνος αρχικά προσπαθεί να τον μεταπείσει με κολακείες, αλλά μάταια. Τον υποβάλλουν σε πολλά βασανιστήρια, στο τέλος του κόβουν με τσεκούρι τα χέρια και τα πόδια και τον αφήνουν να ξεψυχίσει με φριχτούς πόνους. Στις 30 Δεκεμβρίου του 1818 παραδίδει την ωραία ψυχή του και δέχεται το στεφάνι της ομολογίας. Οι χριστιανοί παίρνουν το σώμα του κρυφά και το ενταφιάζουν πίσω από τον ναό των Αγίων Αποστόλων Τυρνάβου. Αμέσως αρχίζουν τα θαύματα. Η μνήμη του οσίου γιορτάζεται στις 30 Δεκεμβρίου, ειδικά στο Μοναστήρι του, όπου φυλάγεται και το μεγαλύτερο μέρος του λειψάνου του. Οι υπερβάσεις και οι προκλήσεις στην συμπεριφορά του αγίου Γεδεών θυμίζουν λίγο τους δια Χριστόν σαλούς, όπως ο άγιος Συμεών Εμέσης του 6ου αιώνα, ή ο άγιος Ανδρέας του 10ου, προκλητικούς, περιθωριακούς και “παράφρονες” αγίους που με την συντριπτική τους ταπείνωση αναδεικνύουν ως προτεραιότητα την σωτηρία του ανθρώπου πάνω από την κοινωνική κανονικότητα και καταγγέλουν την ηθική αυταρέσκεια και υποκρισία των πολλών.
