Η Μονή απέκτησε σημαντικό αριθμό μετοχίων και εκτός του Αγίου Όρους ήδη από την εποχή της ιδρύσεώς της, με δωρεές των κτητόρων και άλλων προσώπων. Τα σημαντικότερα, τα οποία μνημονεύονται κατ᾽ εξακολούθησιν στα βυζαντινά και μεταβυζαντινά έγγραφα του αρχείου της Μονής, βρίσκονταν στην ανατολική Μακεδονία και σε νησιά του βορείου Αιγαίου, δηλαδή είτε σε περιοχές που κατείχαν οι αδελφοί Αλέξιος και Ιωάννης, είτε που αποτελούσαν τον φυσικό χώρο πρόσβασης από την Μονή δια θαλάσσης. Στη συνέχεια καταγράφονται με συνοπτικό τρόπο.
ΑΝΑΤΟΛΙΚΗ ΜΑΚΕΔΟΝΙΑ ΚΑΙ ΘΡΑΚΗ
1. Μετόχι του Μαρμαρίου. Στον κάτω ρου του Στρυμόνα η Μονή κατείχε το Μετόχι του Μαρμαρίου, δωρεά των κτητόρων της. Περιελάμβανε εκτεταμένη περιοχή γύρω από τον βυζαντινό οικισμό Μαρμάρι που εντοπίζεται πολύ κοντά στο σύγχρονο οικισμό της Αμφιπόλεως.
Υπήρξε ένα από τα σημαντικότερα μετόχια της Μονής, με προσόδους που προέρχονταν εκτός από την κτηνοτροφία και την καλλιέργεια της γης, από εκμετάλλευση μύλων και βιβαρίων (ιχθυοτροφείων). Στην διάρκεια της οθωμανικής περιόδου το μετόχι εμφανίζεται κολοβομένο. Τόσο οι συχνές καταπατήσεις των τοπικών αγιάνηδων (Τούρκων αξιωματούχων) όσο και η εγκατάσταση μουσουλμάνων εντός των ορίων του προκάλεσαν την έκδοση πλήθους σουλτανικών φιρμανίων και άλλων οθωμανικών εγγράφων υπέρ των δικαίων της Μονής. Στην ύστερη οθωμανική περίοδο, διακρίνεται σε τρεις περιοχές: πρώτη, μετόχι του Γενήκιοϊ (περίπου όπου ο σύγχρονος οικισμός της Αμφιπόλεως), δεύτερη, Μετόχι του Αγιασμάτ (δίπλα στο σύγχρονο χωριό της Νέας Μεσολακκιάς), τρίτη, Μετόχι της Πραβίστας (σήμερα Παλαιοκώμη).
2. Μετόχι-μονύδριο του Παντοκράτορος στην Ελευθερούπολη. Σε δύο έγγραφα της Μονής, το χρυσόβουλλο του Μανουήλ Β´ Παλαιολόγου, που χρονολογείται τον Ιανουάριο του 1394, και το πατριαρχικό σιγίλλιο του Αντωνίου Δ´, που απολύθηκε τον Ιούνιο του 1394, το ομώνυμο μονύδριο εμφανίζεται μεταξύ των κτήσεών της στον μακεδονικό χώρο. Το εν τη Ελευθερουπόλει (σήμερα Λιμήν Έλευθερων) μονύδριον εις όνομα τιμώμενον του Παντοκράτορας εμφανίζεται να κατέχει οικήματα, αμπέλια, χωράφια και υδρόμυλο, περιγραφή που δημιουργεί την εικόνα ενός μεγάλου και εύρωστου οικονομικά μετοχίου.
3. Μετόχι -μονύδριο της Θεομήτορος στη Χρυσούπολη, στις ανατολικές εκβολές του Στρυμόνος, κοντά στο Διονυσιάτικο Μετόχι του Ορφανίου. Μνημονεύεται στα ίδια έγγραφα, στα οποία και το προηγούμενο μετόχι της Μονής. Κατείχε και αυτό οικήματα, αμπέλια και τζιμηλλαρείον, δηλαδή ελαιοτριβείο. Θεωρείται πολύ πιθανό ότι, αν και δεν εμφανίζεται σε μεταγενέστερα έγγραφα του αρχείου της Μονής, συνέχισε να υφίσταται ως τον 16ο αιώνα, όταν μνημονεύεται για τελευταία φορά η οθωμανική πλέον Χρυσούπολη, και ότι ακολούθησε και αυτό την ερήμωση και τη σταδιακή καταστροφή της πόλεως.
4. Το χωριό Βομπλιανή (σήμερα Ακροπόταμος) στο Λυκόσχισμα, μαζί με τα εδάφη του.
5. Μετόχι-μονύδριο Παναγίας της Καμμυτζιωτίσσης στη Χριστούπολη (σήμερα Καβάλα), με οικήματα, χωράφια και αμπέλια. Μνημονεύεται και στον Βίο του οσίου Φιλοθέου του Αθωνίτου, ενώ η θέση του προσδιορίζεται όπου ο σημερινός ναός της Παναγίας στην Καβάλα.
6. Στις εκβολές του Νέστου επίσης η Μονή κατείχε βιβάριον, δηλ. ιχθυοτροφείο στην Παπαγιαννία.
7. Στη Θάσο, νησί το οποίο κατείχαν και προστάτευαν, οι κτήτορες δώρισαν στη Μονή μεγάλες εκτάσεις και μετόχια, κυρίως με τη μερική διαθήκη του Ιωάννου πριμικηρίου. Ειδικότερα, στον Λιμένα (σήμερα Μαρμαρολιμένας) παραχώρησε στη Μονή τον πύργο και το φρούριο που είχε ανεγείρει ο ίδιος, μαζί με τα περικλειόμενα οικήματα, το ναό του Τιμίου Προδρόμου, τον παλαιό ναό του Αγίου Γεωργίου, καθώς και ολόκληρη την περιοχή με κήπους, αμπελώνες και ένα νερόμυλο, όπως και αρκετές εκτάσεις γης σε άλλες περιοχές. Ήδη σε έγγραφο του 1363 μνημονεύεται το Μετόχι-μονύδριο των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης στη θέση Προάστειο.
8. Στην Κακή Ράχη (σήμερα Καλλιράχη) Μετόχι μονύδριο των Αγίων Αναργύρων, το οποίο απέκτησε η Μονή μετά τον θάνατο των κτητόρων. Κατείχε αμπέλια, χωράφια, ελιές και αμυγδαλιές στην τοποθεσία των Κελαδηνών. Ο ναός του μετοχίου σώζεται ως σήμερα, ανακαινισμένος στα τέλη του 19ου αιώνος. Σε εικόνες του Χριστού και των Αγίων Αναργύρων αυτής της περιόδου υπάρχουν επιγραφές που συνδέουν την προέλευσή τους με τη Μονή.
9. Μετόχι στην Αδριανούπολη. Αφιερώθηκε στη Μονή από τους αδελφούς Θωμά και Γεώργιο Κριτόπουλο και μαρτυρείται από τα τέλη του 16ου αιώνος. Ως μετόχι υπήγαγαν τη Μονή της Αγίας Τριάδος του Ανυποδύτου, την οποία είχαν ανεγείρει οι ίδιοι έξω από την Αδριανούπολη, καθώς και ένα σταυροπηγιακό ναό, αφιερωμένο στον Τίμιο Πρόδρομο στο κάστρο της Αδριανουπόλεως, τον οποίο αφιέρωσαν στη Μονή το 1591. Δυστυχώς, ο ναός αυτός αποτεφρώθηκε από πυρκαγιά το 1760 και δεν ανοικο¬δομήθηκε.
10. Μετόχι στη συνοικία του Αγίου Μηνά Θεσσαλονίκης. Επρόκειτο για αστικά ακίνητα, τα οποία απώλεσε η Μονή κατά την διάρκεια της Ελληνικής Επαναστάσεως (1821-1828).
11. Στη βόρεια Μακεδονία και ειδικότερα στο Μελένικο, η Μονή κατείχε επίσης ένα μετόχι από τα Μέσα του 16ου αιώνος.
ΧΑΛΚΙΔΙΚΗ
12. Μετόχι «αζάπικο» στο Λογγό. Πρόκειται για το μετόχι της Moνής στη Σιθωνία, νοτίως του σημερινού Νέου Μαρμαρά, το οποίο είχε περιέλθει στη Μονή κατά τα τέλη του 14ου αιώνος και μνημονεύεται σε αρκετά έγγραφα του Αρχείου της, με παλαιότερο του έτους 1491 που ρύθμιζε τα σύνορα του εν λόγω μετοχίου της Moνής με το γειτνιάζον μετόχι της Σιμωνόπετρας. Καταγράφεται και από νεότερους ιστοριοδίφες ως «παρά τω Κωφώ λιμένι κείμενον».
13. Μετόχι Νικήτης. Η Μονή κατείχε επίσης μετόχι στη γειτονική Νικήτη, που μαρτυρείται από το 1499. Πρόκειται για το γνωστό σήμερα ως Μετόχι «Καμάρα» .
14. Μετόχι στην Ορμύλια. Μαρτυρείται για πρώτη φορά το 1508. Κατά το δεύτερο ήμισυ του 18ου αιώνος τα χωράφια του μετοχίου είχαν καταπατηθεί από κατοίκους της Ορμύλιας, αλλά επιστράφηκαν στη Μονή, η οποία εν συνεχεία τους τα εκμίσθωνε.
15. Μετόχι «αζάπικο» στη Βάλτα (σήμερα Κασσάνδρα). Μικρό μετόχι της Moνής, το οποίο μαρτυρείται σε οθωμανικά έγγραφα του Αρχείου.
16. Λειβάδι και ιχθυοτροφείο στην Κομίτισα (σήμερα Νέα Ρόδα).
17. Τρία λειβάδια στο Παλαιοχώρι.
18. Οικίες, νερόμυλοι και μποστάνι στο Μεταγγίτσι.
19. Νερόμυλος στα Βραστά.
ΝΗΣΙΑ ΒΟΡΕΙΟΥ ΑΙΓΑΙΟΥ
20. Στη Λήμνο η Μονή κατείχε μεγάλες εκτάσεις που της είχαν παραχωρηθεί με δωρεές ήδη από την εποχή της ιδρύσεώς της. Σε αρκετά έγγραφα του αρχείου της μνημονεύονται κτήσεις αγροτικού χαρακτήρα στο Άνω Χωρίον, την Παρανησία, την Ακτή, το Ακρωτήριον και τον Φακό.
Από τα σημαντικότερα μετόχια της στη Λήμνο είναι το Μετόχι του Αλεξόπυργου, το οποίο αναφέρεται ήδη από τα τέλη του 14ου αιώνος. Είχε αναπτυχθεί στην περιοχή που είχε παραχωρήσει στη Μονή ο αυτοκράτορας Ιωάννης Ε´ Παλαιολόγος, κοντά στο χωριό Πισπέραγος, με ανοικοδόμηση μάλιστα από τους Παντοκρατορινούς μοναχούς και ενός πύργου. Το μετόχι απέκτησε ακόμη περισσότερες εκτάσεις, τις οποίες παραχώρησε ο Μανουήλ Β´ Παλαιολόγος. Αιώνες αργότερα, το 1792, το μετόχι εμφανίζεται υποθηκευμένο σε έναν αγά της Λήμνου, εξαιτίας του μεγάλου χρέους της Moνής προς τον Καπουδάν πασά. Ο ναός του μετοχίου σώζεται ως σήμερα ανακαινισμένος, όπως και κάποια από τα παλαιά βοηθητικά κτίσματα.
21. Μετόχι Λέσβου. Αναπτύσσεται τον 18ο αιώνα, με αφετηρία τη δωρεά μιας οικίας και ελαιοδένδρων από τον Παντοκρατορινό ιερομόναχο Καλλίνικο και τους γονείς του στο Μανταμάδο το 1729.
ΜΙΚΡΑ ΑΣΙΑ
22. Μετόχι Αγίου Νικολάου στο Αϊβαλί. Ιδρύθηκε στις αρχές του 18ου αιώνος στην ανατολική πλευρά των Κυδωνιών, στη θέση Λόγγος και γνώρισε μεγάλη άνθηση κατά τον επόμενο αιώνα, αυξάνοντας τη γη του και λαμβάνοντας από δωρεά των κατοίκων της πόλεως το 1803 το ναό του Αγίου Νικολάου, ο οποίος ανακαινίσθηκε εκ βάθρων κατά τις επόμενες δεκαετίες με έξοδα της Moνής. Το μετόχι αποτελούνταν από οικήματα, εμπορικά καταστήματα και σημαντικό αριθμό ελαιοδένδρων. Καταστράφηκε κατά τη Μικρασιατική Καταστροφή.
23. Μετόχι στη Σμύρνη. Εμφανίζεται σε έγγραφα του τέλους του 18ου αιώνος, απ᾽ όπου διαπιστώνεται ότι η λειτουργία του δεν ήταν εύρυθμη. Την κατάσταση προσπάθησε να αναστρέψει ο ηγούμενος του μετοχίου, ιεροδιδάσκαλος Ιάκωβος ο Παντοκρατορινός.
ΒΛΑΧΙΑ
24. Μετόχι Κατσόρι (Cascioarele) κοντά στο Βουκουρέστι. Πρόκειται για ένα από τα σημαντικότερα μετόχια της Μονής, αφιερωμένο στα Εισόδια της Θεοτόκου, το οποίο παραχωρήθηκε από τον ηγεμόνα της Βλαχίας Αλέξανδρο Ilias στις 13 Φεβρουαρίου 1629, κατόπιν σχετικού αιτήματος των πατέρων της Μονής. Οικονόμοι αυτού του μετοχίου, όπως ο Μελέτιος Κατσοράνος στα μέσα του 19ου αιώνος, χρηματοδότησαν σημαντικές οικοδομικές εργασίες στη Μονή.
Τέλος, να σημειωθεί ότι η Μονή απέκτησε κατά τους τελευταίους αιώνες της Τουρκοκρατίας και αρκετά ακόμη μικρά μετόχια η ελάσσονος σημασίας κτήσεις σε διάφορες περιοχές στον ελλαδικό χώρο: Σέρρες, Μογλενά, Τύρναβο, Άμφισσα κ.α. Σήμερα η Μονή έχει στην κυριότητά της μικρό αριθμό σε σχέση με τα μετόχια που κατείχε κατά το παρελθόν, αφού μεγάλο μέρος των εκτάσεων των μετοχίων της δόθηκε στους πρόσφυγες που ξεριζώθηκαν από τις πατρογονικές εστίες τους μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή, πράξη που συνιστά μείζονα εθνική προσφορά των αγιορειτικών Μονών στο νεότερο Ελληνισμό.