Με την μακραίωνη ιστορία της Μονής και των εξαρτημάτων της, μετοχίων ή αγιορειτικών κελλίων που ανήκουν σ᾽ αυτήν, συνδέονται αρκετοί Άγιοι, μερικοί εκ των οποίων μάλιστα διαδραμάτησαν σημαντικό ρόλο στην πνευματικότητα και την ιστορία του αγιορείτικου μοναχισμού.
α) Άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς (1297-1359). Ο πατέρας του βυζαντινού Ησυχασμού, άγιος Γρηγόριος ο Παλαμάς, ασκήτευσε επί μακρό χρονικό διάστημα στο Άγιον Όρος, τόσο προ του έτους 1325 και μετά το 1331, όσο και μετά την εκλογή του στον αρχιεπισκοπικό θρόνο της Θεσσαλονίκης το 1347. Σύμφωνα με την παράδοση της Μονής, ασκήτευσε για κάποιο χρονικό διάστημα και στην περιοχή της. Άλλωστε, η ίδρυση της Μονής συμπίπτει με την περίοδο της αρχιερατείας του στη Θεσσαλονίκη. Ο άγιος Γρηγόριος απεικονίζεται ως μοναχός σε τοιχογραφία στην Τράπεζα της Μονής και η μνήμη του εορτάζεται την 14η Οκτωβρίου και την Β' Κυριακή των Νηστειών.
β) Άγιος Κάλλιστος Α', Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως (τέλ. 13oυ αιώνος- 1363/4). Ο πατριάρχης Κάλλιστος Α´, μαθητής και βιογράφος του οσίου Γρηγορίου του Σιναΐτη, ασκήτευσε επί αρκετές δεκαετίες στο Άγιον Όρος (Σκήτη Μαγουλά, Μονή Ιβήρων κ.α.). Υπήρξε δεσπόζουσα φυσιογνωμία στην Αθωνική μοναστική πολιτεία. Σύμφωνα με ισχυρή αγιορειτική παράδοση, είχε ασκητεύσει στο Κάθισμα του οσίου Ονουφρίου, σε μικρή απόσταση βορείως της Moνής.
Το όνομα του Καλλίστου συνδέεται, ως γνωστόν, με την ίδρυση και τις απαρχές του ιστορικού βίου της Moνής. Σύμφωνα με τις σωζόμενες μαρτυρίες, ο Κάλλιστος εγκαινίασε το Καθολικό της Moνής, αλλά και εφοδίασε τους μοναχούς της με το πρώτο Τυπικό για τον εύρυθμο εσωτερικό βίο της πατριαρχικής πλέον Moνής. Η μνήμη του Αγίου Καλλίστου τιμάται στις 22 Νοεμβρίου και στις 20 Ιουνίου.
γ) Άγιος Νήφων Β', Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως (1418-1508). Ο άγιος Νήφων Β´, Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, ο από Θεσσαλονίκης, εγκαταβίωσε σε αρκετές αγιορείτικες μονές και θεωρείται νέος κτήτορας της Ιεράς Moνής Διονυσίου. Σύμφωνα με τον βιογράφο του, κατά την πρώτη άφιξή του στο Άγιον Όρος και προ της εγκαταβιώσεώς του στην Ιερά Μονή Διονυσίου, ο άγιος Νήφων επισκέφθηκε την Ιερά Μονή Κουτλουμουσίου και εν συνεχεία την Ιερά Μονή Παντοκράτορος, «ποιήσας χρόνον». Ακολούθως εγκαταβίωσε στο σπήλαιο «Κρήτη», το οποίο βρισκόταν κοντά στις Καρυές, στην περιοχή που ανήκει στη Μονή. Σύμφωνα με τον βιογράφο του, επρόκειτο για τόπο «εις τον οποίον εκατοίκουν θαυμάσιοι άνδρες με μεγάλην στενοχωρίαν και άκραν κακοπάθειαν, τους οποίους εθαύμασεν ο μακάριος Νήφων δια την υπερβολικήν τους υπομονήν. Όθεν έμεινε μετ᾽ αυτών διδάσκων και διδασκόμενος, ζώντας με την καλλιγραφίαν του». Η μνήμη του Αγίου Νήφωνος εορτάζεται στις 11 Αυγούστου.
δ) Άγιος Θεωνάς Α´, Μητροπολίτης Θεσσαλονίκης (16ος αιώνας). Ο άγιος Θεωνάς, ο από ηγουμένων, ασκήτευσε στην Μονή κατά τις αρχές του 16ου αιώνος, όπως πληροφορούμαστε από τον βίο του αλλά και από το αρχικό μαρτύριο του οσιομάρτυρος Ιακώβου. Χειροτονήθηκε μάλιστα ιερέας και διακόνησε ως εφημέριος του Καθολικού, έως την περίοδο που συνδέθηκε με τον οσιομάρτυρα Ιάκωβο και εντάχθηκε στη συνοδεία του. Σύμφωνα με την παράδοση της Μονής, ασκήτευσε στο Κάθισμα του οσίου Ονουφρίου, το οποίο έκτοτε μετονομάσθηκε και σε Κάθισμα του Αγίου Θεωνά. Η μνήμη του εορτάζεται στις 4 Απριλίου.
ε) Όσιος Θεόφιλος ο μυροβλύτης (1460-1548). Ο όσιος Θεόφιλος, καταγόμενος από τη Ζίχνη της Μακεδονίας, έζησε κατά τη διάρκεια του πρώτου αιώνα μετά την Άλωση και θεωρείται από τους σημαντικότερους αντιγραφείς κωδίκων στο Άγιον Όρος κατά τη διάρκεια του 16ου αιώνος, μιας περιόδου εξαιρετικά γόνιμης για τον αγιορείτικο Μοναχισμό. Μετά από μια περίοδο διακονίας των υπόδουλων Ελλήνων, αλλά και του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως, όπου υπηρέτησε ως έξαρχος, αναχώρησε για το Άγιον Όρος, όπου εγκαταβίωσε αρχικά, το 1510, στη Μονή Βατοπεδίου και εν συνεχεία στην Ιερά Μονή Ιβήρων. Τέλος, αποσύρθηκε στην παντοκρατορινή Καλύβη του Αγίου Βασιλείου στην Καψάλα, ανατολικά των Καρυών. Εκεί ο όσιος Θεόφιλος εγκαταβίωσε μαζί με τον υποτακτικό του Ισαάκ, αφού προηγουμένως την ανακαίνισαν με τη βοήθεια του Πρώτου του Αγίου Όρους Σεραφείμ. Συνέταξε και ιδιόχειρη διαθήκη, καθώς και ομολογία πίστεως, λίγο προ του οσιακού θανάτου του την Κυριακή 8 Ιουλίου 1548, αν και το συναξάριό του αναγράφει εσφαλμένα ως έτος κοιμήσεώς του το 1558. Παρά τη ρητή εντολή προς τον υποτακτικό του να μη γνωστοποιήσει το θάνατό του, αλλά να ρίξει το νεκρό του σώμα στο δάσος, οι παντοκρατορινοί μοναχοί βρήκαν το λείψανό του, το οποίο μετέφεραν αρχικά στη Μονή, ενώ στη συνέχεια το ενταφίασαν εντός του παρεκκλησίου της Καλύβης του Αγίου Βασιλείου με τη συνοδεία πλήθους μοναχών. Μετά την ταφή του το λείψανο του οσίου Θεοφίλου άρχισε να αναβλύζει μύρο, ως «μία απόδειξις και σημείoν βεβαιότατον μιας άκρας καθαρότητος και παρθενίας και αγνείας, όχι μόνον από εμπαθείας μολυσμών, αλλά και από ηδυπαθείας λογισμών ακαθάρτων του νοός», όπως επισημαίνει ο όσιος Νικόδημος, γεγονός το οποίο του προσέδωσε και την επωνυμία του μυροβλύτη. Η μνήμη του εορτάζεται στις 8 Ιουλίου. Στη Μονή φυλάσσεται σε ειδική λειψανοθήκη το δεξί χέρι του οσίου Θεοφίλου, ενώ σε τοιχοχραφία που βρίσκεται στον δυτικό τοίχο της Λιτής του Καθολικού της Μονής αποκαλείται «ο Παντοκρατορινός» .
ς) Όσιος Γεράσιμος ο νέος, ο εν Κεφαλληνία (1509-1579). Ο όσιος Γεράσιμος ο νέος, σύγχρονος και κατά τι νεότερος του οσίου Θεοφίλου, ήλθε κατά το πρώτο ήμισυ του 16ου αιώνος, ίσως μαζί με τον γνωστό λόγιο μοναχό Παχώμιο Ρουσάνο, στο Άγιον Όρος, όπου και εκάρη μοναχός και ασκήτευσε για κάποιο χρονικό διάστημα, ως την μετάβασή του στην Παλαιστίνη. Σύμφωνα δε με την τοπική παράδοση ο τόπος ασκήσεώς του ήταν η ερημική Καψάλα. Η μνήμη του οσίου Γερασίμου εορτάζεται στις 20 Οκτωβρίου.
ζ) Άγιος Ιωσήφ, Μητροπολίτης Τιμισοάρας (1568-1656). Ο άγιος Ιωσήφ γεννήθηκε το 1568 και καταγόταν από ελληνίδα μητέρα. Είκοσι χρόνια αργότερα ήλθε από την Αχρίδα στη Μονή Παντοκράτορος, συνοδευόμενος και από έναν ακόμη δόκιμο, το Νικόδημο. Εκεί εκάρη μοναχός, μετονομασθείς από Ιάκωβος σε Ιωσήφ, και χειροτονήθηκε ιερέας. Επιδόθηκε δε στο έργο της αντιγραφής κωδίκων, για να αναχωρήσει τελικά για άλλες αγιορείτικες μονές (Μεγ. Λαύρας, Χιλανδαρίου, Ξηροποτάμου, Βατοπεδίου, Κουτλουμουσίου), ως το 1650, έτος κατά το οποίο εξελέγη μητροπολίτης Τιμισοάρας, όπου έζησε το υπόλοιπο της ζωής του, το 1656, και αναδείχθηκε άγιος, επιτελώντας πλήθος θαυμάτων. H μνήμη του εορτάζεται στις 15 Σεπτεμβρίου.
η) Όσιος Ακάκιος ο Καυσοκαλυβίτης (1630-1730). Ο όσιος Ακάκιος ο νέος, ιδρυτής της Ιεράς Σκήτης των Καυσοκαλυβίων, ασκήτευσε για ένα μικρό χρονικό διάστημα, προ της οριστικής εγκαταβιώσεώς του στην περιοχή των Καυσοκαλυβίων, στην «σκήτην του Παντοκράτορος, ένθα ευρισκόμενος ήλθε και ο γέροντάς του από την Ζαγοράν χάριν μουσικής», όπως σημειώνει ο βιογράφος του παπα-Ιωνάς ο Καυσοκαλυβίτης. Mε τη φράση «Σκήτη Παντοκράτορος» εννοείται η Παντοκρατορινή σκήτη της Καψάλας. Η μνήμη του οσίου Ακακίου τιμάται στις 12 Απριλίου.
θ) Όσιος Νικόδημος ο Αγιορείτης (1759-1809). Ο μεγάλος αυτός πατέρας της Φιλοκαλικής Αναγέννησης εγκαταβίωσε το 1777 μαζί με τον γέροντά του Αρσένιο Μωραΐτη «εις το Κυριακόν της Σκήτεως του Παντοκράτορος», ενώ λίγο μετά το 1778 «αγόρασε την καλύβην όπου είναι άνωθεν του Κυριακού, εις το ραχώνι, όπου ονομάζεται του Θεωνά». Αργότερα, μετά το 1784 κοινοβίασε μαζί με τον Γερο-Σίλβεστρο τον Καισαρέα στην Καλύβη του Αγίου Βασιλείου στην Καψάλα, όπου έγινε μεγαλόσχημος μοναχός, συνέγραψε το έργο του Χρηστοήθεια και συνέθεσε την Ακολουθία του οσίου Θεοφίλου. Από εκεί «επήγεν εις την Μονήν του Παντοκράτορος», όπου και εμόνασε επί ένα έτος και εν συνεχεία επέστρεψε στην Καψάλα, όπου «αγόρασεν την Καλύβην όπου είναι αντικρύς του Αγίου Βασιλείου» (σήμερα Καλύβη του Αγίου Νικολάου Νικοδήμου). Ο όσιος Νικόδημος ασκήτευσε επί μακρό χρονικό διάστημα (περί τα 32 έτη) στην Καψάλα (Καλύβες Αγίου Μανδηλίου, Αγίου Νικολάου και Νέα Νικοδήμου), η οποία δηλώνεται επανειλημμένως στον βίο του ως «Σκήτη του Παντοκράτορος» και αποτελούσε τον ιδεώδη τόπο μοναχικής ασκήσεως για τον ίδιο. Επιπλέον, τόσο κατά την περίοδο συγγραφής του Πηδαλίου του (έτ. 1800) όσο και κατά την περίοδο σύνταξης του μνημειώδη Συναξαριστή του μερικά χρόνια αργότερα, εργάσθηκε, όπως ομολογεί στα Προοίμιά τους, στη Βιβλιοθήκη της Ιεράς Μονής Παντοκράτορος, χρησιμοποιώντας μάλιστα ως κύρια πηγή του για τον Συναξαριστή του τον χειρόγραφο Συναξαριστή της Μονής, ο οποίος απετέλεσε και τη βάση για το έργο του. Η μνήμη του εορτάζεται στις 14 Ιουλίου.
ι) Άγιος Μακάριος ο Νοταράς, Μητροπολίτης Κορίνθου (1731-1805). Ο συναθλητής και καθοδηγητής του οσίου Νικοδήμου στην ανάληψη του σπουδαιότατου συγγραφικού του έργου, άγιος Μακάριος ο Νοταράς, ερχόμενος στο Άγιον Όρος το 1777, παρέμεινε και αυτός για ένα χρονικό διάστημα στην Καψάλα, συνεργαζόμενος με τον όσιο Νικόδημο για την προετοιμασία των εκδόσεων της Φιλοκαλίας, του Ευεργετινού και άλλων βιβλίων. Σύμφωνα μάλιστα με ανεξακρίβωτη πληροφορία, στον άγιο Μακάριο είχε μεταβιβασθεί με ομόλογο, το οποίο φυλασσόταν στη Μονή, η Καλύβη όπου διέμενε ο όσιος Νικόδημος. Εορτάζει στις 17 Απριλίου.
ια) Όσιος Παΐσιος Βελιτσκόφσκι (1722-1794). Συνόμιλος των Κολλυβάδων ο όσιος Παΐσιος, μετέφερε στο σλαβικό κόσμο το πνεύμα της Φιλοκαλίας και της αγιορείτικης ασκητικής εμπειρίας. Κατά την περίοδο της εγκαταβιώσεώς του στο Άγιον Όρος και της συνεργασίας του με τον άγιο Μακάριο Νοταρά και τον όσιο Νικόδημο, επέλεξε ως τόπο της ασκήσεώς του το Κελλί του Προφήτου Ηλιού, το οποίο εν συνεχεία, με τους πολυάριθμους μαθητές του μετέτρεψε στη γνωστή ομώνυμη Σκήτη, που αποτελεί εξάρτημα της Moνής. Ασκήτευσε επίσης και στο σπήλαιο «Κρήτη», όπου είχε ασκητεύσει και ο άγιος Νήφων. Η μνήμη του τιμάται στις 15 Νοεμβρίου.
