Από την πρώτη στιγμή που η Μονή ξεπροβάλλει στα μάτια του προσκυνητή, καθώς κατηφορίζει τον αγροτικό δρόμο που οδηγεί από τις Καρυές προς αυτήν, δίνει την εικόνα ενός καλά οχυρωμένου κάστρου όπου δεσπόζει ο επιβλητικός Πύργος με τις πολεμίστρες, ενώ τα εξωτερικά κτίρια μοιάζουν να προσπαθούν να κρύψουν προστατευτικά το Καθολικό και τα άλλα εσωτερικά κτίσματα της Μονής. Η διάταξη αυτή, εμφανώς αμυντική, μας υπενθυμίζει τις ιστορικές περιπέτειες της Μονής που, ιδίως κατά την κρίσιμη περίοδο της ιδρύσεώς της, αλλά και καθ᾿ όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας, είχε να αντιμετωπίσει ποικίλους εχθρούς και επιδρομείς.
Όλοι όσοι ασχολήθηκαν με την αρχιτεκτονική της Μονής ορίζουν το σχήμα της, σε κάτοψη, ως ακανόνιστο ή πολυγωνικό. Αυτό προέκυψε πιθανότατα ως αποτέλεσμα των οικοδομικών παρεμβάσεων και επεκτάσεων που διενεργήθηκαν κατά την πάροδο των αιώνων σε τέτοιο μάλιστα βαθμό, ώστε να διαπιστώνεται ότι «το κτηριακό συγκρότημα που σήμερα αντικρίζουμε, χρονολογείται βασικά στον 17ο και 18ο αιώνα». Έτσι, θεωρείται ότι τα αρχικά κτητορικά κτίσματα πρέπει να περιορίζονταν στο βορειοδυτικό τμήμα του σημερινού κτηριακού συγκροτήματος και στο Καθολικό, περιστοιχισμένο από τα μοναχικά κελλιά. Σύμφωνα με νεότερα στοιχεία, η επέκταση των κτισμάτων νοτιοανατολικά πρέπει να χρονολογηθεί μεταξύ των ετών 1483-1535, άποψη που έρχεται να επιβεβαιώσει τις σχετικές αναφορές των Μπάρσκυ και Κομνηνού ότι η «νέα αυλή» της Μονής υπήρξε έργο του Μπάρμπουλου.
Τα κτίρια δεν υπερβαίνουν τους τρεις ορόφους και χαρακτηρίζονται εσωτερικά από τις κτιστές, τοξωτές στοές και τον πλούσιο κεραμοπλαστικό διάκοσμο, ενώ εξωτερικά από τους ξύλινους εξώστες και τα σαχνισιά (κλειστοί εξώστες με παράθυρα), που προσφέρουν υπέροχη θέα προς το πέλαγος ή την απότομη κορυφή του Άθω.
Η κύρια είσοδος της Μονής βρίσκεται στη νοτιοδυτική γωνία, όπου υψώνεται ένας μικρός τετράγωνος πύργος, χαμηλότερος του κυρίως Πύργου. Στον τελευταίο όροφό του στεγάζεται το παρεκκλήσιο του Αγίου Παντελεήμονος. Και αυτός ο πύργος διέθετε καταχύστρες και κανόνια, που απεικονίζονται σε χαλκογραφίες της Μονής. Εφαπτόμενο με αυτόν και έμπροσθεν της εισόδου της Μονής βρίσκεται το πρόπυλο, στηριζόμενο σε δύο πεσσούς και δύο κίονες. Δεξιά του προπύλου ο επισκέπτης συναντά μια μαρμάρινη κρήνη, που κατασκευάστηκε κατά την περίοδο των ανακαινιστικών εργασιών του τέλους του 18ου αιώνος, οι οποίες πραγματοποιήθηκαν με δαπάνες του σκευοφύλακα Κυρίλλου και του Γεωργίου, όπως μας πληροφορεί σχετική ανάγλυφη επιγραφή.
Σε απόσταση λίγων μέτρων νοτίως του προπύλου, στην άκρη του απότομου βράχου, διατηρείται το τετράγωνο κιόσκι, το οποίο απεικονίζεται και στο σχέδιο της Μονής από τον Μπάρσκυ το 1744. Από εκεί οι επισκέπτες απολαμβάνουν μια μοναδική θέα προς το πέλαγος, τη γειτονική Ιερά Μονή Σταυρονικήτα και, στο βάθος του ορίζοντα, την πετρώδη κορυφή του Άθωνος.
Εισερχόμενος ο επισκέπτης στον αύλειο χώρο της Μονής, ο οποίος είναι σχετικά ανωφερής, αντικρύζει στη βόρεια πλευρά του το Καθολικό. Ο χώρος αυτός δεν είχε πάντα την σημερινή του μορφή. Όπως μας πληροφορεί ο Μπάρσκυ, υπήρχαν δύο αυλές, διαχωριζόμενες με τείχος που αποσκοπούσε στην απομόνωση των αδελφών της Μονής από τους τεχνίτες και τους εργάτες, οι οποίοι διέμεναν στους χώρους που περιστοίχιζαν την πρώτη μικρή αυλή. Οι δύο αυτές αυλές ενοποιήθηκαν μετά τα μέσα του 18ου αιώνα.
Αριστερά, στο κέντρο περίπου της δυτικής πτέρυγας, θα συναντήσει ο επισκέπτης τη δεύτερη μαρμάρινη κρήνη, που κατασκευάστηκε και αυτή με δαπάνη του σκευοφύλακα Κυρίλλου και φέρει εγχάρακτη τη γνωστή καρκινική επιγραφή ΝΙΨΟΝ ΑNOMHMΑTΑ ΜΗ ΜΟΝΑΝ ΟΨΙΝ.
Σήμερα το σύνολο των πτερύγων που περιστοιχίζουν το καθολικό της Μονής έχει πλήρως ανακαινισθεί από τη νέα αδελφότητα της Μονής. H βόρεια πτέρυγα στεγάζει τα κελλιά των μοναχών, τα γραφεία, το Ηγουμενείο, καθώς και τα παρεκκλήσια των αγίων Ιωαννικίου και Ανδρέου, των Αρχαγγέλων και του Αγίου Γεωργίου. Πρόκειται για τμήμα που ανήκε στο αρχικό κτηριακό συγκρότημα και είχε υποστεί καταστροφή από την πυρκαγιά του 1392. Γνώρισε αλλεπάλληλες ανακαινίσεις, αρχικά από τον αυτοκράτορα Μανουήλ Β´ Παλαιολόγο και τον πατριάρχη Αντώνιο Δ´, αργότερα δέ, το 1781, από τον σκευοφύλακα Κύριλλο και τον Γεώργιο, όπως πληροφορούμαστε από σωζόμενη επιγραφή του ιδίου έτους.
Αξίζει να σημειωθεί ότι στο ισόγειο αυτής της πτέρυγας σώζεται και το πιθάρι, το οποίο συνδέεται με το θαύμα της ελαιοβρυσίας που πραγματοποίησε η εφέστιος εικόνα της Παναγίας της Γεροντίσσης. Στη δυτική πτέρυγα στεγάζονται το μαγειρείο, κτίσμα του 16ου αιώνος, η Τράπεζα, το Δοχειό, το παρεκκλήσιο του Τιμίου Προδρόμου και κελλιά των μοναχών. Προγενέστερες ανακαινίσεις τμημάτων της δυτικής πτέρυγας κατά τα έτη 1637 και 1776 μαρτυρούνται από τις σωζόμενες επιγραφές στους εξωτερικούς της τοίχους.
Η νότια πτέρυγα στεγάζει χώρους φιλοξενίας, το Συνοδικό και το παρεκκλήσιο του Αγίου Νικολάου, ενώ κατά το παρελθόν σε αυτή την πτέρυγα στεγαζόταν το Ηγουμενείο, η Τράπεζα, το Αρχονταρίκι και κελλιά μοναχών.
Εκτός της Μονής, προς τα βόρεια και δυτικά, έχουν οικοδομηθεί σε διαφορετικές χρονικές περιόδους διάφορα βοηθητικά κτίσματα και καθίσματα, καθώς και δύο υδραγωγεία, ένα στα βόρεια της Μονής και ένα προς τα δυτικά. Το πρώτο μάλιστα, ένα βυζαντινό υδραγωγείο με τοξωτές καμάρες, κατασκευάστηκε κατά την περίοδο ιδρύσεως της Moνής. Σε μια επισκευή του το έτος 1537 από τον μεγάλο λογοθέτη της Μολδαβίας Γαβριήλ Totrusanu, αναφέρεται μια μαρμάρινη επιγραφή που βρίσκεται σήμερα εντοιχισμένη στον πεσσό της κλίμακας που οδηγεί στην Τράπεζα. Η κατασκευή του δεύτερου υδραγωγείου χρονολογείται το 1780, όπως μαρτυρεί μαρμάρινη επιγραφή που φυλάσσεται σήμερα στο Σκευοφυλάκιο της Μονής.
Δυτικά της Μονής και σε μικρή απόσταση από αυτήν βρίσκεται ο κήπος, όπου και το παρεκκλήσιο του Αγίου Τρύφωνος, περιστοιχιζόμενος από ελαιόδενδρα, καθώς και το κοιμητήριο με το κάθισμα των Αγίων Αναργύρων.
Σε μικρή απόσταση βορείως του μικρού λιμένος της Μονής σώζεται το πηγάδι, εντός του οποίου είχε παραμείνει η εφέστιος εικόνα της Γεροντίσσης επί σχεδόν ογδόντα έτη.